Beta-laktam antibiyotiklerin (penisilin ve sefalosporinler) aminoglikozidlerle birlikte kullanımı her ikisinin de etkisini azaltabilir. Birlikte kullanımları gerekiyorsa, en az bir saat arayla verilmelidir. Amoksisilinin oral kontraseptifler ve östrojen içeren ilaçlarla birlikte kullanımı bu ilaçların etkilerini azaltabilir. Probenesid, amoksisilinin renal sekresyonunu yavaşlatır ve her ikisinin de yarılanma süresini uzatır. Kan seviyelerinin uzun süre korunmasının istendiği enfeksiyonların tedavisinde amoksisilin ve probenesid birlikte kullanılabilir. Amoksisilinin allopurinol ile birlikte kullanımı, özellikle hiperürisemik hastalarda deri döküntülerini belirgin olarak artırır. Ancak bunun hiperüriseminin varlığından dolayı ya da allopurinol nedeniyle oluştuğu belirlenememiştir.