Penisilin tedavisi uygulanan hastalarda ciddi ve hatta ölümle sonuçlanabilen anaflaktoid aşırı duyarlılık reaksiyonları bildirilmiştir. Bu tip reaksiyonlar özellikle birçok allerjene duyarlılığı olan kişilerde ve parenteral uygulamada daha sık görülmüştür. Penisiline aşırı duyarlılığı olanlarda, sefalosporinler ile tedavide de aynı reaksiyonlar gözlenebilir. Penisilin tedavisinden önce aşırı duyarlılık olup olmadığının soruşturulması gerekir .Ciddi anaflaktoid reaksiyonlarda adrenalin, oksijen, I.V. steroidler ile hava yolunun açık tutulması sağlanmalıdır; gerekirse entübasyon uygulanmalıdır. Gebelikte kullanım: Gebelikte güvenilirliği henüz kanıtlanmamıştır. Amoksisilin süte az miktarda geçer. Emziren annelerde kullanıldığında bu özelliği unutulmamalıdır. Uzun süreli tedavide tüm güçlü ilaçlarda olduğu gibi hemotopoetik sistem, böbrek ve karaciğer fonksiyonları belirli aralıklarla izlenmelidir. Tedavi sırasında bakteriyel patojenler (Enterobacter, Pseudomonas) ve mantarlarla (Candida) süperenfeksiyon ihtimali unutulmamalıdır. Böyle bir durumda ilaç kesilmeli ve uygun tedaviye başlanmalıdır.