Yapılan klinik çalışmalarda azitromisinin yan etkilerinin hafif ya da orta şiddette olduğu gözlenmiştir. Yan etkiler genellikle gastrointestinal sistem kaynaklıdır. Erişkinlerde gözlenen yan etkiler: Multipl doz uygulamasında: Yan etkilerin çoğu gastrointestinal sistemle ilişkilidir. Diyare, bulantı, kusma ve karın ağrısı sıklıkla gözlenenlerdendir. Kardiyovasküler sistem: Palpitasyonlar, göğüs ağrısı. Gastrointestinal sistem: Dispepsi, karında şişkinlik, kusma, melena, kolestatik sarılık. Genitoüriner sistem: Monilia, vaginit, nefrit. Sinir sistemi: Sersemlik, başağrısı, vertigo, uykusuzluk. Genel: Halsizlik. Alerjik: Döküntü, fotosensitivite, anjiyoödem. Tek doz uygulamasında: en sık görülen yan etkiler gastrointestinal sistemle ilişkilidir. Çocuklarda gözlenen yan etkiler: Multipl doz uygulamasında: Erişkinlerde gözlenen yan etkilere benzerdir. Kardiyovasküler sistem: Göğüs ağrısı. Gastrointestinal sistem: Dispepsi, kabızlık, anoreksi, karında şişkinlik, gastrit. Sinir sistemi: Başağrısı, hiperkinezi, sersemlik, ajitasyon, sinirlilik, uykusuzluk. Genel: Ateş, halsizlik, kırgınlık. Alerjik: Döküntü. Özel duyular: Konjunktivit.