Önerilen dozlarda Bactrim genellikle iyi tolere edilir. En sık rastlanan yan etkiler deri döküntüleri ve gastrointestinal bozukluklardır.

Genel: Her ilaçla olabildiği gibi bu bileşiğe aşırı duyarlılığı olan hastalarda, ateş, anjiyonörotik ödem, anaflaktoid reaksiyonlar, hipersensitivite reaksiyonları ve serum hastalığı gibi alerjik reaksiyonlar görülebilir. Nadir olarak, eozinofilik veya alerjik alveolitte görülene benzer pulmoner infiltrasyon bildirilmiştir. Tedavi sırasında, öksürük veya nefes darlığı gibi semptomlar ortaya çıkar veya beklenmedik bir şekilde kötüleşirse, hasta yeniden değerlendirilmeli ve Bactrim tedavisinin kesilmesi düşünülmelidir. Periarteritis nodosa ve alerjik miyokardit nadiren görülmüştür. Candidiasis gibi fungal enfeksiyonlar bildirilmiştir

Aşağıdaki etkiler bildirilmiştir (sıklık sırasıyla):

Deri: Bunlar genellikle hafiftir ve tedavinin kesilmesinden sonra hızla düzelirler. Sülfonamid içeren birçok ilaç gibi Bactrim de bazı nadir vakalarda ışığa duyarlılık, erythema multiforme, Stevens‑Johnson sendromu, tok­sik epidermal nekroz (Lyell’s sendromu) ve Henoch-Schoenlein purpurası ile ilgili bulunmuştur.

Gastrointestinal: Bulantı (kusma ile veya kusma olmadan), stomatit, diyare, glossit ve birkaç psödomembranöz enterokolit vakası. Bactrim ile tedavi sırasında akut pankreatit görülen hastalar bildirilmiştir. Bunların birçoğu aralarında AIDS gibi ciddi hastalıkları olan ağır vakalardır.

Hepatik: