Flukonazol karaciğer tarafından metabolize edilen ilaçların farmakokinetik parametrelerini değiştirir. Kumarin grubu antikoagülanların Flukonazol ile birlikte uygulanmasıprotrombin zamanının uzamasına neden olmaktadır.
Ayrıca klorpropamid, glibenklamid gibi sulfonilüre grubu ilaçlarla birlikte kullanılması, bu ilaçların yarı ömürlerini uzatmaktadır. Siklosporin ile Flukonazol'ün birlikte uygulanması plazma siklosporin konsantrasyonlarının artmasına neden olur. Aynı durum fenitoin içinde geçerlidir. Ancak bu fenitoin toksisitesi ile sonuçlanabilir. Öte yandan tiazid grubu diğretiklerle birlikte uygulama ise bu kez flukonazol pik plazma konsantrasyonlarının artışı ile sonuçlanmaktadır.