İndinavir ile spesifik ilaç etkileşiim çalışmaları gerçekleştirilmiş olan zidovudin, zidovudin/lamivudin, trimetroprim/sulfametoksazol, flukonazol, isoniazid, klaritromisin, metadon veya oral kontraseptif (noretindron/etiril estradiol 1/35) gibi ilaçlar ile klinik olarak anlamlı etkileşimler aşağıda belirtilmiştir.
Rifampin : Rifampin P-450 3A4'ün güçlü bir indükleyicisi olması nedeni ile indinavirin plazma konsantrasyonlarında yükselme olduğundan anlamlı bir düşme sağlayabileceğinden, rifampin ve Crıxıvan'ın birlikte uygulanması önerilmemektedir.
Rifabutin : Crıxıvan ile birlikte uygulandığında rifabutinin plazma konsantarsyonlarıında yükselme olduğundan, Crıxıvan dozunun artırılması gereklidir. Ketokonazol: Crıxıvan ve ketokonazol birlikte uygulandıklarında indinavir'in plazma konsantrasyonlarında artış olacağından indinavir dozunda bir azaşma düşünülmelidir.
İtrakonazol : İtrakonazol P-450 3 A4 'ü inhibe ettiği için indinavirin plazma konsantrasyonlarını yükseltir. Bu yüzden Crıxıvan ve itrakonazol birlikte uygulandıklarında indinavir dozunda azaltım önerilir.
Delavirdin : İndinavir plazma konsantrasyonlarında (ön çalışma sonuçlarına göre) bir artış olduğu için, Crıxıvan ve delavirdin birlikte uygulanacağı zaman indinavir dozunda bir azalma düşünülebilir.
Diğer : İndinavr ve didanosin birlikte uygulandıklarında, aç karnına ve en az bir saat ara ile uygulanmalıdır. Rifampinden daha az potansiyel olarak CYP3A4'ü indükleyen fenobarbital, fenitoin, karmazepin, deksametazon gibi diğer ilaçlar, indinavirin plazma konsantrasyonunu zaltabileceklerinden indinavir ile dikkatli kullanılmalıdırlar.