Genellikle iyi tolere edilen bir antibiotiktir. Seftiriakson kullanımı ile ortaya çıkabilecek belli başlı yan etkiler şunlardır:
Gastrointesitinal: Diyare, daha ender larak bulantı ve kusma, stomatit, glossit.
Hematolojik: Eoziofili, lökopeni, daha ender olarak anemi, nöropeni, trombositopeni ve protombin zamanında uzama,
Deri reaksiyonları: Deri döküntüsü, prüit,
Diğer: Baş ağrısı, baş dönmesi, karaciğer enzimlerinde hafif bir artma, monoliaisis, vaginitis, serum kreatininde artma, çok ender olarak psödomembranöz, kolit, Anafilaktik ve anaflaktoid reaksiyonlar.