Sefotaksim genelde iyi tolere edilir. En sık rastlanılan yan etkiler, İ.V. ve İ.M. enjeksiyon bölgesimnde enflamasyon, ağrı, sertlik gibi lokal belirtilerdir.
Başlıca sistemik yan etkiler: Allerjik deri reaksiyonları kolit, diyare, bulantı, kusmadır. Nadiren; granülositopeni, geçici lökopeni, eozinofeli, nötropeni, moniliasis, vaginitis, başağrısı, geçici SGOT, SGPT, LDH ve alkalen fosfatas yükselmeleri, geçici BUN yükselmeleri bildirilmiştir.
Beklenmeyen bir etki görüldüğünde doktorunuza baş vurunuz.