Klinik araştırmalarda yan etkilerin genellikle hafif olduğu ve tedavinin kesilmesini gerektirmediği görülmüştür.
Klinik çalışmalarda % 1’den yüksek ve plasebo grubundakinden daha sık görülen yan etkiler karın ağrısı, dispepsi, konstipasyon, diyare, gaz, özofagus ülseri, disfaji, abdominal distansiyon, kemik, kas ve eklem ağrısı ve baş ağrısıdır. Nadiren deri döküntüsü ve eritem görülmüştür.
Alendronat, nadiren ürtiker ve anjiyoödem dahil aşırı duyarlılık reaksiyonlarına neden olabilir. Alendronat kullanan hastalarda özofajit, özofagusta erozyon, özofagus ve orofarenks ülseri görülebilir. Nadiren mide ve duodenum ülseri görülebilir.
Alendronat tedavisi sırasında serum kalsiyum ve fosfat düzeyinde hafif, asemptomatik ve geçici düşme meydana gelebilir.