Allopurinol ya da hidroklorotiazid ile birlikte uygulandığında, sülfonil ürelerin miyelosupresif etkileri ve kan glukozunu düşürücü etkileri artabilir. Fenobarbital, fenitoin, benzodiazepinler ya da kloralhidratın yakın zamanda kullanılmış olması ya da birlikte kullanımları halinde, mikrozomal karaciğer enzim indüksiyonu olasılığına neden olabilir. Siklofosfamid bağışıklık sistemini baskılayıcı bir etkiye sahip olduğu için, hastada aşılara karşı daha zayıf cevap alınmasına yol açabilir. Preparatın canlı aşılarla birlikte uygulanması, aşıya bağlı enfeksiyon gelişmesine neden olabilir. Depolarizan kas gevşeticileri (örn. süksinilkolinin halojenli tuzları) ile birlikte uygulanması durumunda, psödokolinesteraz konsantrasyonundaki azalma nedeniyle, uzun süreli apne gelişebilir. Kloramfenikol ile birarada kullanılması siklofosfamidin yarı ömrünün uzamasına ve metabolizasyonunda gecikmeye neden olabilir. Antrasiklinler ve pentostatin, siklofosfamidin potansiyel kardiyotoksisitesini artırabilir. Kardiyotoksik etkide benzer bir artışın, kalp bölgesine uygulanan radyoterapiden sonra siklofosfamid kullanılması durumunda da görülebilme olasılığı vardır. Tek bir olguda akut su intoksikasyonu bildirilmiş olduğundan, indometazin ile birlikte kullanımında dikkatli olunmalıdır. Kinolon grubu antibiyotiklerle birlikte kullanıldığında, antimikrobiyal etkisinin azalmasına neden olabilir. Digoksinin serum düzeylerinde azalmaya yol açabilir. Tiazid diüretikleri, siklofosfamid uygulamasına bağlı olarak gelişen lökopeniyi uzatabilir.Siklofosfamid uygulaması, vücuttaki antikoagülan etkiyi artırabilir. Greyfurtun içerisinde siklofosfamidin aktivasyonunu ve dolayısıyla etkinliğini bozan bir madde bulunduğu için, hasta tedavi sırasında greyfurt yememeli ya da greyfurt suyu içmemelidir.