Eritromisin kullanan hastalarda birkaç defa sarılık ile veya sarılıksız karaciğer fonksiyon bozuklukları bildirilmiştir. Eritromisin, teofilinle birlikte kullanıldığında, teofilin etkisini yükselttiği ve toksisitesini potansiyelize ettiğinden teofilin dozları düşürülmelidir. Eritromisin idrardaki katekolaminin fluorometrik tayinlerini engeller. Eritromisin uzun süre veya tekrar kullanım sonunda duyarsız bakterilerin veya mantarların sayısını arttırabilir. Eğer süperenfeksiyon ortaya çıkarsa, eritromisin kullanımı kesilmeli ve uygun tedaviler uygulanmalıdır. Hekime danışmadan kullanılmamalıdır. Gebelikte: Eritromisin, değişik tuz ve esterleri ile fare ve tavşanlar üzerinde yapılan çalışmalar sonunda cenin üzerinde eritromisinin herhangi bir tahribatı görülmemiştir. Fakat gebe kadınlar üzerinde eritromisinle herhangi bir çalışma yapılmamış olmasından dolayı gebelik sırasında eritromisin, hekim gerekli görüyorsa uygulanmalıdır. Emziren annelerde eritromisinin anne sütü ile itrah edildiği bilinmektedir.