Oral eritromisin tedavisinde en sık rastlanılan yan etkiler abdominal ağrı ve rahatsızlık hissi gibi doza bağlı gastrointestinal yan etkilerdir. Bulantı, kusma ve diyare mutad dozlar ile nadiren oluşur. Karaciğer yetmezliği ve/veya anormal karaciğer fonksiyon testlerine ait semptomlar gelişebilir. Eritromisin tedavisi sırasında nadiren psödomembranöz kolit bildirilmiştir. Konfüzyon, halüsinasyon, bayılmalar ve vertigo gibi santral sinir sistemine ait yan etkiler sınırlı sayıda vakada bildirilmiştir. Ancak neden ve sonuç ilişkisi henüz kesinleşmemiştir. Nadiren eritromisin tedavisi gören hastalarda ventriküler taşikardi gibi kalp aritmileri gözlendiği bildirilmiştir. Birkaç vakada göğüs ağrısı, baş dönmesi ve çarpıntı gibi diğer kardiyovasküler semptomlar bildirilmiştir. Ancak neden ve sonuç iişkisi henüz kesinleşmemiştir. Ürtiker ve hafif deri döküntüsünden anafilaksiye kadar çeşitli allerjik reaksiyonlar oluşabilir. Özellikle böbrek yetmezliği olan hastalarda ve yüksek doz eritromisin alan hastalarda reversibl işitme kaybı bildirilmiştir.