İmidazol türevi ilaçların kullanımı sırasında hastalarda görülmesi mümkün yan etkiler arasında bulantı, karın ağrısı, tad değişimleri ( ağızda metalik tad), glossit, stomatit gibi sindirime ilişkin yakınmalar, ürtiker ve tedavinin kesilmesiyle geri dönüşlü hafif lökopeni görülebilir. Daha seyrek olarak baş dönmesi, koordinasyon bozukluğu, ataksi, parasteziler, duyusal ve motor polinevritler bildirilmiştir. Flagentyl tedavisi sırasında seyrek olarak bildirilen yan etkiler şunlardır: Bulantı, kusma ve gastralji.