Flukonazol, genellikle iyi tolere edilir. Flukonazol ile en sık görülen yan etkiler gastrointestinal yola ait semptomlardır. Bunlar arasında bulantı, karın ağrısı, diyare ve gaz vardır. Gastrointestinal semptomlardan sonra en sık gözlenen yan etki deri döküntüsüdür. Flukonazole bağlı başağrısı görülmüştür. Bazı hastalarda, özellikle AIDS ve kanser gibi ciddi primer hastalığı olanlarda, gerek flukonazol gerekse mukayese ilaçları ile tedavi sırasında renal ve hematolojik fonksiyon testlerinde değişmeler ve hepatik anormallikler (Uyarılar/ Önlemler bölümüne bakınız) gözlenmiştir, fakat bunların klinik anlamı ve tedavi ile olan ilişkisi açık değildir. Eksfoliatif deri hastalıkları (Bakınız: Uyarılar/Önlemler bölümü), nöbetler, nötropeni ve agranülositozu içeren lökopeni, trombositopeni ve saç dökülmesi, sebepsel ilişkisi kesin olmayan durumlarda ortaya çıkmıştır. Ender vakalarda, diğer azollerde görüldüğü gibi anaflaksi bildirilmiştir.