Isoniazid, genellikle tavsiye edilen dozlarda iyi tolere edilir. En sık görülen yan etkileri sinir sistemi ve karaciğer ile ilgilidir. Sinir Sistemi : Periferik nöropati en sık görülen yan etkisidir. Doza bağlı olup, genellikle kötü beslenen veya alkolik, diabetik hastalar gibi nörit'e eğilimli olan hastalarda oluşur. Genellikle ayak ve ellerde uyuşma şeklinde ortaya çıkar. Diğer nörotoksik etkileri tedavi dozlarında nadiren görülür. (Konvülziyon, toksik ensefalopati, optik nörit, atrofi, hafıza bozukluğu, toksik psikoz gibi.) Gastrointestinal Sistem : Bulantı, kusma ve epigastirik rahatsızlık. Hepatik : Serum transaminazlarında (SGOT, SGPT) yükselme, billüribinemi, sarılık, nadiren ciddi hepatit. Sık görülen başlangıç belirtileri iştahsızlık, bulantı, kusma, halsizliktir. Hastaların % 10-20'sinde hafif ve transient transaminaz yükselmeleri görülebilir. Bu durum tedavinin herhangi bir zamanında görülebilmekle birlikte en sık ilk 4-6 ayda görülmektedir. Birçok vakada ilacın kesilmesine gerek kalmadan transaminazlar normale döner. Nadiren ilerleyici karaciğer hasarı oluşabilir. Hipersensitivite : Ateş, cilt erupsiyonları, lenfadenopati, vaskülit. Metabolik ve Endokrin : Piridoksin eksikliği, pellegra, hiperglisemi, metabolik asidoz, jinekomasti. Hematolojik Reaksiyonlar: Agranülositoz, hemolitik, sideroblastik veya aplastik anemi, trombositopeni, eozinofili. Diğer : Romatik sendrom, sistemik lupus eritematozize benzer sendrom.