Penisilin tedavisi sırasında ciddi ve öldürücü olabilen allerjik (Anaflaktoid) reaksiyonlar ortaya çıkabilir. Bu tür reaksiyonlar genellikle parenteral tedavi sırasında ortaya çıkmaktaysa da, oral penisilin tedavisi sırasında gelişebilir. Genellikle çeşitli allerjenlere aşırı duyarlı veya daha önce penisilinlere ve sefalosporinlere aşırı duyarlılık göstermiş kişilerde bu tür allerjik reaksiyonlar sık görülmektedir. Tedaviye başlamadan önce ayrıntılı hasta hikayesinin alınması uygun olur. Bu tür ciddi bir anaflaktoid reaksiyonun ortaya çıkması halinde Adrenalin, intravenöz Steroid verilmesi; oksijen tedavisine başlanması, hava yolunun açık tutulması hatta entübasyon gerekebilir. Penisilinler çok düşük toksisiteleri olan antibiyotiklerden olmakla birlikte uzun süreli tedaviler sırasında böbrek, karaciğer ve hematopoetik sistemlerin fonksiyonlarının kontrolü önerilmektedir. Mononükleosisli vakalarda ampisilin tedavisi deri döküntülerine neden olabilir. Bu nedenle mononükleozis vakalarında ampisilin benzeri (amoksisilin gibi) verilmelidir. Tedavi sırasında patojenler ve mantarlarla süperenfeksiyon oluşabilir. Böyle bir durumda ilaç kesilmeli ve uygun tedaviye başlanmalıdır. Gebelikte Kullanımı: İnsanlarda yapılmış kontrollu çalışmaların yetersiz olması nedeniyle hamilelere risk ve yarar faktörü değerlendirilerek kullanılmalıdır. Laktasyonda Kullanımı: Semisentetik penisilinlerin süte geçmesi nedeniyle emziren annelerde dikkatle uygulanmalıdır. Vücut ağırlığı 40 kg'ın altındaki çocuklarda süspansiyon formu ancak doktor tavsiyesi ile kullanılmalıdır.