Yan etkileri, sık görülmemekle birlikte Amoksisilin'de olduğu gibi hafif ve geçicidir. Diyare, hazımsızlık, bulantı, kusma ve kandidiyazis bildirilmiştir. Bulantı sık olmamakla birlikte daha çok yüksek dozlarda ortaya çıkar. Eğer hastada gastro-intestinal yan etkiler meydana gelirse bu etkiler, Klavunat'ın yemek başlangıcında alınması ile azaltılabilir. Ampisilin ve Amoksisilin ile görülenlere benzeyen ürtiker ve morbiliform döküntüler bazen ortaya çıkabilirse de klinik çalışmalarda insidansının düşük olduğu gösterilmiştir. Ürtiker tipindeki döküntüler penisiline karşı aşırı duyarlılığı belirtir ve bu durumda tedavi kesilmelidir. Morbiliform döküntüler genellikle hafif ve geçicidir, fakat enfeksiyöz mononükleozis ile birlikte olduğu zaman şiddetli olabilir. Bu durumda tedavi kesilmelidir. Penisilin tedavisinde nadir olmakla birlikte ciddi fatal hipersensitivite reaksiyonları gözlenebilir. Genelde anaflaksi çoklukla parenteral tedavide oluşmakta ise de oral penisilin alan hastalarda da meydana gelebilmektedir. Bu reaksiyonlar individual olarak multipl allerjenlere karşı sensitivitesi olanlarda çoklukla görülür. Keza sefalosporinlere karşı hipersensitivitesi olanlarda da bu reaksiyon penisilin alındığında gözlenebilir.