Penisilin tedavisi uygulanan hastalarda ciddi ve hatta ölümle sonuçlanabilen anaflaktoid aşırı duyarlılık reaksiyonları bildirilmişitir. Bu tip reaksiyonlar, özellikle bir çok allerjene duyarlılığı olan kişilerde ve parenteral uygulamada, oral uygulamaya göre daha sık görülür. Penisiline aşırı duyarlılığı olan kişilerde sefalosporinlerle tedavi uygulandığında, ciddi aşırı duyarlılık reaksiyonları oluşabildiği bildirilmişitir. Penislin tedavisine başlamadan önce vakanın penislin, sefalosporin ve diğer allerjenlere karşı önceden duyarlılık reaksiyonu olup olmadığı iyice sorgulanmalıdır. Ciddi anaflaktoid reaksiyonların adrenalin ile acil tedavisi şarttır. Endikasyona göre oksijen, I.V. steroidler uygulanmalı, hava yolu açık tutulmalı, gerekirse entübasyon uygulanmalıdır.
Uzun süreli tedavi ise hematopoetik sistem, bçbrek ve karaciğer fonksiyonları belirli aralıklarla izlenmelidir.
Tedavi sırasında bakteriyel patojenler (enterobekterler ve pseudomonas gibi) ve mantarlar ile (candida) süperenfeksiyon ihtimali unutulmamalıdır. Böyle bir durumda ilaç kesilmeli ve uygun tedaviye başlanmalıdır. İnfeksiyoz mononükleozisli hastalarda Ampisiline bağlı deri döküntüleri sıklıkla görüldüğünden bu hastalarda Ampisilin kullanılmamalıdır.
Antikoagülanlarla tedavi altında olan bazı hastalarda Amoksisilin Potasyum klavulanat uygulamasında protrombin ve kanama zamanlarında uzama görüldüğü bildirildiğinden, bu tür hastalarda dikkatli davranılmalıdır.
Hamilelerde ve Emziren Annelerde kullanımı:
Klavupen plasentadan kolayca geçtiğinden hekim tarafından zorunlu görülmedikçe hamilelerde kullanılması önerilmez. Semisentetik penisilinlerin anne sütüne geçmesi nedeniyle Klavupen emziren annelerde dikkatle uygulanmalıdır.