Antitrombin III'ün etkisi, heparin ile büyük ölçüde artmaktadır. Bu durum antitrombin III'ün yarı ömrünü önemli miktarda azaltabilir. Hastaların antitrombin III aktivitesini normalize etme sırasında heparin tedavisi uygulanması kanama riskini arttırır.
Aynı zamanda heparin uygulanmsı kanama riski yüksek olan hastalarda dikkatle yürütülmelidir. Eğer heparin kullanılırsa, sadece düşük bir doz standart heparinuygulanmalıdır. (saatte < 500 I.U standart heparin) Antitrombin III aktivitesinin koagülasyon parametreleri üzerindeki etkisi yakından takip edilmelidir.