Penisilin tedavisinde uygulanan ciddi ve hatta ölümle sonuçlanabilen anafilaktoid aşırı duyarlılık reaksiyonları bildirilmiştir. Bu tip reaksiyonlar özellikle birçok allerjene duyarlılığı olan kişilerde ve parenteral uygulamada oral uygulamaya göre daha sık görülür. Penisilin'e karşı duyarlılığı olan kişilerde sefalosporinlerle tedavi uygulandığında ciddi aşırı duyarlılık reaksiyonları oluşabildiği bildirilmiştir. Penisilin tedavisine başlamadan önce, penisilin, sefalosporin ve diğer allerjenlere karşı önceden duyarlılık reaksiyonu olup olmadığı iyice sorulmalıdır. Ciddi anafilaktoid reaksiyonların Adrenalin ile acil tedavisi şarttır. Endikasyona göre oksijen I.V. steroidler ve hava yolunun açık tutulması, gerekirse entübasyon uygulanmalıdır. Uzun süreli tedavide tüm güçlü ilaçlarda olduğu gibi hematopoetik sistem, böbrek karaciğer fonksiyonları belirli aralıklarla izlenmelidir. Tedavi sonrasında bakteriyel patojenler (Enterobakter, Pseudomonas) ve mantarlarla (Candida) süper enfeksiyon ihtimali unutulmamalıdır. Böyle bir durumda kesilmeli uygun tedaviye başlanmalıdır. Gebelikte Kullanım: Gebelikte güvenilirliği henüz kesinlik kazanmamıştır. Emziren annelerde kullanımı: Amoksisilin süte az miktarda geçer, emziren annelerde kullanıldığında bu özelliği unutulmamalıdır.