Linkomisin, çok seyrek de olsa ciddi kolite neden olabilir. Bundan dolayı, daha az toksit antimikrobiyal ilaçların uygun olmadığı ciddi enfeksiyonlarda kullanılır. Birçok üst solunum yolu enfeksiyonları gibi, bakteriyel olmayan enfeksiyonlarda kullanılmamalıdır. Belirgin bir diyare meydana gelirse, ilaç kesilmeli veya gerekiyorsa sadece hasta yakın gözetim altında tutularak devam edilmelidir. Opiatlar, atropin ve birlikte olan difenoksilat gibi antiperistaltik ilaçlar durumu uzatabilir ve daha da kötüleştirebilir. Diyare, kolit ve pseudomembranöz kolitin, linkomisin tedavisi kesildikten haftalar sonra başladsığı gözlenmiştir. Hamilelerde, emziren annelerde veya yeni doğanlarda kullanılmamalıdır.