Uzun süreli tedavilerde periodik olarak karaciğer fonksiyon testleri yapılmalı ve gerektiğinde tedavi durdurulmalıdır. İmmün sistemi zayıflamış hastalarda oluşabilecek deri döküntüsü tedavinin durdurulmasına neden olabilir. Hamilelerde ve emziren annelerde kullanımı önerilmemektedir. Kumarin grubu antikoagülanlar ile birlikte uygulanan flukonazol, protrombin zamanını uzatabilir. Bu nedenle periyodik olarak kısa aralıklarla hastaların protrombin zamanı ölçülerek izlenmelidir. Flukonazol teofilin kan düzeyini yükselttiğinden, bu iki ilacı birlikte alan hastalarda teofilinin kan düzeyleri dikkatle izlenmelidir. Flukonazolün sisaprid veya astemizol ya da terfenadin ile birlikte kullanımı, bu ajanların metabolizmalarının yavaşlatılması sonucu serum konsantransyonlarında artışa ve ciddi kardiyolojik yan etkilere neden olabilir. Etinil-estradiol ve levonorgestrol içeren oral kontraseptifler ile beraber alınan flukonazol, bu ajanların kan düzeylerinde artışa neden olabilir. Bu konuda dikkatli olmak gerekir.