Ender olarak bulantı ve kusma görülür. HMG ile tedavide bir kaç vakada aşırı duyarlılık reaksiyonu olmuştur. Çok ender olarak uzun süreli tedavi, antikor oluşumuna neden olarak tedaviyi etkisiz kılabilmektedir. HMG ile tedavi overlerin aşırı uyarılmasına neden olabilir, bu durum ilk önce HCG (gebelik hormonu) uygulandıktan sonra belli olur. Bu durumda büyük over kistleri oluşur ve rüptüre olarak karın içi kanamalara neden olur. Buna ilaveten, karın boşluğunda sıvı birikimi (asit), göğüs boşluğunda sıvı birikimi (hidrotoraks), idrarda azalma (oligüri), kan basıncında düşme (hipotansiyon) ve kan pıhtısıyla kan damarlarının tıkanması (tromboembolik olay) olabilir. Aşırı uyarılmanın ilk belirtileri ortaya çıktığında tedavi hemen durdurulmalıdır. Bu belirtiler, karın ağrısı, karnın altında ele gelir büyüme (sonografik olarak tespit edilir). Eğer karın ağrısı olursa, doktorunuza danışınız. Gebelikle beraber bu yan etkiler şiddetlenebilir ve uzun süre devam eder, hayatı tehdit edecek nitelikte olabilir. HMG ile tedavi sırasında istenmediği halde birden çok gebelik olabilir.