Sahip olduğu serbest sülfidril grubu nedeni ile, aynı solüsyona karıştırılır ise asetilsistein çeşitli penisilinler tetrasiklinler sefalosporinler aminoglikozidler, makrolidler ve amfoterisin B ile etkileşime girebilir. Asetilsistein ile birlikte kullanıldığında, amoksisilin’in dokudaki düzeyinin artabileceği bildirilmiştir. Söz konusu antibiyotikler ile asetilsistein’in birlikte kullanılması durumunda, her iki ilacın aralarında en az 2 saat ara olacak şekilde alınması önerilir. Asetilsistein ile birlikte kuilanıldığında, gliseril trinitrat(nitrogliserin)’ın vazodilatör ve trombosit agregasyonunu inhibe edici etkisinde bir artış olabileceği bildirilmiştir. Antitussifler ile birlikte kullanılması önerilmemektedir.