Klinik çalışmalar sırasında tedaviyle ilişkili advers etkiler arasında başağrısı (%8), epistaksis (kanama, kanlı mukus ve kan pıhtıları) (%8), farenjit (%4), burunda yanma (%2), burunda iritasyon (%2), ve burunda ülserasyon(%1) olup bu etkiler kortikosteroid burun spreylerinin kullanımı ile görülen tipik etkilerdir. Epistaksis genelde hafif şiddette olup kendiliğinden geçmiştir. İnsidansı plaseboya kıyasla daha yüksek (%5) olmakla birlikte karşılaştırılan aktif kontrol kortikosteroidlerle (%15 e kadar) kıyaslanabilir veya daha düşüktür. Diğer tüm etkilerin insidansı plasebo ile aynıdır. Pediatrik hastalarda, advers etki insidansı, ör. başağrısı (%3), epistaksis (%6), burunda iritasyon (%2) ve hapşırma (%2) plasebo ile kıyaslanabilir düzeydedir. Mometazon furoat monohidrat’ın intranazal uygulamasından sonra nadiren ani aşırı duyarlılık reaksiyonu meydana gelebilir. Çok nadiren, anaflaksi ve anjiyoödem bildirilmiştir.