Heparin sodyum, bir basamaklı protrombin zamanını uzatabilir. Bu nedenle, heparin sodyumun dikumarol ya da warfarin sodyum ile birlikte uygulanması durumunda; kan alınması ile son intravenöz doz arasında en az 5 saat; son subkutan doz arasında ise en az 24 saat süre olması gerekir. Asetilsalisilik asit, dekstran, fenilbutazon, ibuprofen, indometasin, dipridamol, hidroksikloroquin gibi trombosit agregasyon reaksiyonunu (heparinize hastaların başlıca hemostatik defansı) engelleyen ilaçlar kanama oluşturabileceklerinden heparin sodyum uygulanmakta olan hastalarda dikkatli kullanılmalıdır. Dijitaller, tetrasiklinler, nikotin ya da antihistaminikler heparin sodyumun antikoagülan etkisini kısmen azaltabilirler.