Omeprazol karaciğerde oksidasyon yolu ile metabolize olan diazepam, warfarin ve fenitoin gibi ilaçların etkilerini uzatabilir. Normal kişilerde teofilin veya propranolol ile herhangi bir etkileşme tespit edilmemiştir. Sitokrom P450 enzim sistemi ile metabolize olan diğer ilaçlarla (siklosporin, disulfiram) etkileşmeler bildirilmiştir. Bu ilaçlarla birlikte kullanım sırasında gereğinde doz ayarlaması yapabilmek için hastalar yakından takip edilmelidir. Omeprazol gastrik asit sekresyonunu inhibe ettiği için biyoyararlanımları açısından gastrik pH'nın önemli olduğu ketakonazol, ampisilin esterleri, demir tuzları gibi ilaçların emilimini etkileyebilir. Omeprazol antasitlerle birlikte kullanılabilir.