Genel olarak antitiroid ilaçlarla tedavinin ilk 2 ayında yan etkiler görülebilir. Bütün tiroid inhibitörleri gibi bazı hallerde lökopeni veya agranülositoz görülebilir. Bu bakımdan ilacın uygulandığı hastalar kontrol altında tutulmalı ve uygulamanın ilk ayında kan kontrolleri yapılmalıdır. Bazı hallerde eklem ağrıları ve baş ağrısı yaparsa da tedaviye devama engel oluşturmaz. Ciltte döküntüler, ilaç ateşi, kaşın-tı, bulantı, kusma, epigastrik ağrı, baş dönmesi, sarılık, artralji, miyalji, nörit, lenfadenopati görülebilir. Antitiroid hammaddelerle tedavide nadir komplikasyon olarak hemoraji eğilimi vardır. Phytomenadione verilmesi ile kontrol altına alınabilir.