Mide asiditesinin azalmasına bağlı olarak bazı ilaçların emilimi değişebilir. Omeprazol tedavisi sırasında, ketokonazolün emiliminin azalması beklenebilir. Yemeklerle ya da antasitlerle birlikte alınması durumunda etkileşim görülmemiştir. Omeprazol, karaciğerde sitokrom P450 2C19 (CYP2C19) sistemi ile metabolize edildiğinden, diazepam, varfarin (R-varfarin) ve fenitoinin atılımını geciktirebilir. Fenitoin ve varfarin alan hastaların izlenmesi önerilir, doz ayarlaması gerekebilir. Bununla birlikte, günde 20 mg omeprazol tedavisinin fenitoinin kan düzeyini etkilemediği gösterilmiştir. Aynı şekilde, düzenli varfarin tedavisindeki hastalarda günde 20 mg omeprazol tedavisi, pıhtılaşma zamanını etkilemez. Birlikte alındıklarında, klaritromisinin ve omeprazolün plazma konsantrasyonları yükselir. Yapılan etkileşim araştırmalarında, düzenli kullanılan 20-40 mg omeprazolün, CYP1A2 (kafein, fenasetin, teofilin), CYP2C9 (S-varfarin), CYP2D6 (metoprolol, propranolol), CYP2E1 (etanol), CYP3A (siklosporin, lidokain, kinidin, östradiol) gibi diğer CYP izoformları ile metabolik etkileşiminin bulunmadığı görülmüştür.