Diğer penisinlerde olduğu gibi istenmeyen reaksiyonlar alerjik reaksiyonlardır. Bu reaksiyonlar daha çok, önceden alerji, astım, alerjik rinit veya ürtiker geçirmiş bireylerde görülür. Amoksisilin kullanımına bağlı olarak şu istenmeyen etkiler ortaya çıkabilir. Mide- barsak sistemi, bulantı, kusma ve diyare. Eritematöz makülohapüler döküntüler ve ürtiker, ürtiker, diğer deri döküntüleri ve serum hastalığına benzer reaksiyonlar antihistaminikler ile ve eğer gerekli ise, sistemik kortikositeroitler ile kontrol altına alınabilir. Bu tip reaksiyonları görünmesi halinde tedavinin kesilmesi gerekir.Karaciğer hafif bir SGOT artışı kaydedilmişsede bunun klinik önemi bilinmemektedir.