Rifampisin tedavisi sırasında aşağıdaki yan etkilerin görülebileceği belirtilmiştir. Gastrointestinal :Epigastrik yanma, iştahsızlık, bulantı, kusma, kramplar, diyare nadiren hepatit. Hematolojik : Nadiren trombositopeni (tedavinin kesilmesiyle düzelir), geçici lökopeni, hemolitik anemi. S.S.S : Baş ağrısı, ateş, halsizlik, ataksi, konsantrasyon bozukluğu, mental konfüzyon, kas zayıflığı, nadiren myopati. Göz : Görme bozukluğu. Endokrin : Mensturasyon bozukluğu. Renal : Üre ve ürik asit yükselmesi nadiren hemoglobinüri, hematüri, interstisiyel nefrit, renal yetmezlik. Dermatolojik : Flaşing, kaşıntı. Hipersensivite Reaksiyonları : Kaşıntı, ürtiker, kızarıklık, eozinofili. Diğer : Yüz ve ekstremitelerde ödem. Flu sendromu (ateş, titreme, baş ağrısı, sersemlik ve kemik ağrısı), hipotansiyon. Laboratuvar testleri : Karaciğer enzimlerinde (SGOT, SGPT) yükselme, bilirubinemi.