Sefagen genelde iyi tolere edilir. En sık rastlanan yan etkiler, I.V. ve I.M. enjeksiyonu izleyen enflamasyon, ağrı, sertlik gibi lokal reaksiyonlardır. Başlıca sistemik yan etkiler deri döküntüleri, kaşıntı, kolit, diyare, bulantı, kusmadır. Granülositopeni, geçici lökopeni, eosinofili, nötropeni, moniliasis, vaginitis, baş ağrısı, geçici SGOT, SGPT, LDH ve alkalen fosfataz yükselmeleri, geçici BUN yükselmesi çok seyrek olarak görülebilir. BEKLENMEYEN BİR ETKİ GÖRÜLDÜĞÜNDE DOKTORUNUZA BAŞVURUNUZ.