Septrin aşağıdaki enfeksiyonların tedavisinde endikedir: Üriner yol enfeksiyonları: Akut, komplike olmayan üriner yol enfeksiyonlarının tedavisi. Komplike olmayan üriner yol enfeksiyonlarının başlangıç dönemi tedavisinin kombinasyondan ziyade etkili tek bir antibakteriyel ajan ile yapılması önerilmektedir. Solunum yolu enfeksiyonları: Otitis media tedavisi: Septrin, otitis medianın profilaktik veya uzun süreli uygulamasında endike değildir. Kronik bronşitin akut alevlenmelerinin tedavisi, Pneumocystis carinii pnömonisinin tedavi ve önlenmesi. Genital yol enfeksiyonları: Oro-farengeal ve ano-rektal enfeksiyonları da içeren gonore tedavisi, şankroid tedavisi, granüloma inguinale (venereum) tedavisi. Gastrointestinal sistem enfeksiyonları: Organizmanın in vitro olarak duyarlı olduğu gösterildiğinde, sıvı ve elektrolit replasman tedavisine ek olarak, kolera tedavisinde. Şigelloz tedavisinde; turist ishali (enterotoksijenik E. coli'nin etken olduğu gastroenterit de dahil) tedavisinde. Nocardiosis tedavisi. Toksoplazmozis.