Seretonin geri-alım inhibitörleriyle MAO inhibitörlerinin kombine kullanımı sırasında ciddi yan etkiler gözlenmiştir. Bu yüzden sertralinin de bir MAO inhibitörüyle kombine kullanımı önerilmez. MAO inhibitörü tedavisinden sertralin tadavisine geçilecekse ya da tersi yapılacaksa, yeni tedaviye başlamadan önce en az 14 gün ara verilmesi gerekir.
Sertralin, trisiklik antidepresanlarda olduğu gibi kilo alımına yol açmaz, tersine bazı hastaların sertralin tedavisi sırasında kilo kaybettiği bildirilmiştir.
Sertralinin epileptik hastalıklarda kullanımıyla ilgili elde veri olmadığı için, bu grup hastalarda dikkatli kullanılmalıdır.
Sertralin karaciğerde yoğun olarak metabolize olduğundan karaciğer yetmezliği olan hastalarda dikkatli kullanılmalıdır. Sertralin dozunun yaklaşık yarısı idrar yoluyla atılır. Böbrek yetmezliği olanlarda farmakokinetik araştırmalar henüz yapılmamış olduğu için, bu grup hastalarda dikkatli kullanılmalıdır.
Sertralin sedasyona yol açmaz, psikomotor performansı azaltmaz. Ancak araç kullanma ve makine kullanma gibi potansiyel olarak tehlikeli işlerin yapılabilmesi için gerekli zihinsel ve fiziksel yetenekleri azaltabileceğinden hasta gereğince uyarılmalıdır.
Depresyonda intihar girişimi olasılığı bulunması ve belirgin remisyon oluşuncaya kadar devam edebilme ihtimali nedeniyle hastalar tedavinin başlangıç dönemlerinde yakın olarak izlenmelidir.
Farmakolojik etkileşim olasılığından dolayı triptofan ve fenfluramin gibi serotonerjik nörotransmisyonu artıran ilaçlarla birlikte sertralin alınırken dikkatli olunmalı ve mümkünse bu kombinasyondan kaçınılmalıdır.
Yapılan hayvan araştırmalarında belirgin bir karsinojenik, genotoksik,teratojonik etki saptanmamış olmasına karşın, insanlarda yeterli veri olmadığından gebelerde kullanılması önerilmez.
Sertralinin anne sütüne geçip geçmediği bilinmemektedir, bu yüzden emzirenlerde kullanılmamalıdır. Sertralinin çocuklarda etkinliği ve güvenilirliği henüz gösterilmemiştir. Yapılan araştırmalar, sertralinin yaşlılardaki güvenilirlik profilinin erişkinlerden farklı olmadığını ortaya koymuştur.