Sertralin bir serotonin geri-alım inhibitörü olarak yüksek seçicilik gösterdiğinden, diğer nörotransmiterler üzerinde etkisiz ya da çok az etkilidir. Bu nedenle yan etki profili diğer birçok antidepresandan farklıdır. Plasebo kontrollü klinik çalışmalarda sertralin grubunda en az %2 sıklıkta veya plasebo grubundan iki kat fazla görülen yan etkiler aşağıdadır. Otonom sinir sistemi bozuklukları: Ejakülasyon bozukluğu (özellikle ejakülasyon gecikmesi), ağız kuruluğu, terlemede artış. Merkezi ve periferik sinir sistemi bozuklukları: Somnolans, baş dönmesi, baş ağrısı, parestezi, tremor Cilt ve yumuşak doku bozuklukları: Kızarıklık Gastrointestinal bozukluklar: Anoreksi, konstipasyon, diyare / yumuşak dışkı, dispepsi, gaz, bulantı, kusma. Psikiyatrik bozukluklar: Ajitasyon, anksiyete, insomnia, libido azalması, sinirlilik. Duyu organları: Görme bozukluğu.