Siprofloksasin, titreme, huzursuzluk, sersemlik, konfüzyon, nadiren halüsinasyon ve konvülzif nöbet gibi merkezi sinir sistemi ile ilgili etkilere yol açabilir. Siprofloksasin, merkezi sinir sistemi bozukluğu (serebral ateroskleroz ve epilepsi dahil) olan kişilerde dikkatli kullanılmalıdır. Siprofloksasin, konvülziyon anamnezi olan hastalarda uygun bir antikonvülzif tedavi sağlandıktan sonra kullanılmalıdır. Bazı hastalarda tedavi sırasında taşıt ve makine kullanma yeteneğinde azalma olabilir. Alkol alanlarda, alkolün etkilerinde artış görülebileceğinden, hasta uyarılmalıdır. Yaşlılarda renal fonksiyon azaldığından, doz ayarlaması gerekmektedir. Renal fonksiyon bozukluğu olan hastalarda daha düşük dozlarda kullanılmalıdır. Kinolonlarla tedavi edilen hastalarda, ilk dozdan sonra anafilaktik reaksiyonlar görülebilir. Aşırı duyarlılıkla ilgili ilk belirtiler gözlendiğinde tedavi kesilmeli ve gerekli önlemler (adrenalin gibi) alınmalıdır. Siprofloksasin de dahil, bütün antibakteriyel ilaçların değişik şiddetlerde psödomembranöz kolite yol açabildiği bildirilmiştir. Diyare görülen hastalarda bu durum göz önünde tutulmalıdır. Diğer geniş spektrumlu antibakteriyel ilaçlar gibi siprofloksasinde de, uzun süreli kullanımda, duyarlı olmayan mikroorganizmaların aşırı çoğalması ve süperenfeksiyon görülebilir. Bazı kinolon grubu ilaçları kullananlarda, doğrudan günışığına maruz kaldıklarında, orta derecede ya da ağır fototoksisite gözlenmiştir. Bu nedenle, hastalar aşırı günışığından uzak durmalı ve fototoksisite görüldüğünde tedavi kesilmelidir. Her potent ilaç ta olduğu gibi, uzun süreli siprofloksasin tedavilerinde de renal, hepatik ve hematopoietik sistem gibi organ sistemlerinin fonksiyonları izlenmelidir. Siprofloksasin ender olarak kristalüriye yol açabilir. Bu nedenle hastalar tedavi boyunca iyi hidrate edilmeli ve idrarin alkalileşmemesine dikkat edilmelidir.