Kinolon grubu antibiyotiklere özgü yan etkiler, siprofloksasin tedavisinde de görülebilir. Bulantı, kusma, diyare, hazımsızlık, şişkinlik, iştahsızlık gibi gastrointestinal yan etkiler; baş dönmesi, baş ağrısı, uykusuzluk, huzursuzluk gibi merkezi sinir sistemiyle ilgili yan etkiler; deri döküntüleri, kaşıntı, dil ve glottis ödemi gibi aşırı duyarlılık reaksiyonları; seyrek olarak paroksismal taşikardi, migren, eozinofili, lökopeni, lökositoz; çok seyrek olarak trombositopeni, protrombin zamanında değişiklikler gibi hematolojik yan etkiler görülebilir. Ayrıca, çok seyrek olarak eklem ağrıları, ışığa duyarlılık, yüksek frekanslarda geçici işitme azalması bildirilmiştir. Laboratuvar değerlerine etkileri: Özellikle önceden karaciğer hasarı olanlarda transaminaz ve alkalen fosfotaz enzimlerinde yükselme görülebilir. Çok seyrek olarak üre, kreatinin ve bilirubin değerlerinde geçici artış, kristalüri ve hematüri bildirilmiştir.