Siprogut sadece lokal kullanılır. Göz içine enjekte edilmez. Sistemik kinolon kullanımına bağlı nadir olarak ilk dozdan sonra fatal hipersensitivite reaksiyonları bildirilmiştir. Ancak lokal kullanımda sistemik emilimi çok düşük olduğundan bu tür bir reaksiyon oluşması genellikle beklenmez. Bileşimindeki benzalkonyum klorür nedeni ile yumuşak kontakt lens takılı durumda kullanılmamalıdır. Diğer tüm antibiyotik preparatlarında olduğu gibi uzun süreli kullanım, mantarlar gibi duyarlı olmayan mikroorganizmaların aşırı üremesine neden olabilir. Süperenfeksiyon gelişmesi halinde uygun tedaviye başlanmalıdır. Klinik bulgular gerektirdiğinde, slit lamp biyomikroskobu gibi büyütme ile ve eğer uygunsa floresein boyaması ile hasta muayene edilmelidir. Ciltte döküntü veya diğer hipersensitivite reaksiyonları görüldüğünde siprofloksasin tedavisi kesilmelidir. Gebelerde Kullanım: Siprofloksasinli göz damlasının gebelerde kullanımı ile ilgili yeterli klinik çalışmalar yoktur. Ancak beklenen yarar olası zarardan daha fazla ise gebelerde kullanılabilir. Süt Veren Annelerde Kullanım: Topikal uygulanan Siprofloksasinin anne sütüne geçip geçmediği konusunda bilinen bir çalışma henüz yoktur. Ancak oral yoldan alınan 500 mg Siprofloksasinin anne sütüne geçtiği bilinmektedir. Gerektiğinde takip edilerek süt verenlerde kullanılabilir. Çocuklarda Kullanım: Siprofloksasinin 1 yaş altındaki çocuklarda kullanımına ait henüz güvenilirliği ve etkinliği tesbit edilmemiştir.