Siprofloksasin tedavisinde yan etkilere oldukça az rastlanır. Bazı hallerde aşağıdaki reaksiyonlar görülebilir. - Gastrointestinal Sistemde: Bulantı, kusma, ishal, hzımsızlık, karınağrısı, işthsızlık. - Santral Sinir Sistemde: Baş dönmesi, baş ağrısı, yorgunluk, ajitasyon, anksiyete, çok nadir olarak çift görme, renkli görme. - Dolaşım sisteminde: Taşikardi, hipertansiyon, aritmiler. - Daha önce karaciğer harabiyeti geçirmiş kimselerde karaciğer enzim değerlerinde geçici yükselmeler olabilir. - Ayrıc pruritis, ürtiker, ciltte döküntüler gibi cilt reaksiyonları yapabilir. - İskelet kası ile ilgili tekileri: Eklem ve sırt ağrısı, eklem katılığı, boyun göğüs ağrısı görülebilir.