Flukonazol'ün, varfarin kullanan sağlıklı deneklerde protrombin zamanını uzattığı gözlenmiştir. Bu nedenle kumarin tipi antikoagülanlarla birlikte Flukonazol verilmesi durumunda, antikoagülan doz ayarı zamanında yapılmalıdır. Flukonazol sülfonilüre'lerin yarı ömrünü uzattığı için, bu iki ilacın birlikte kullanıldığı diyabetli hastalarda bir hipoglisemi riski gözönünde tutulmalıdır. Flukonazol fenitoin seviyelerini yükseltiği için beraber kullanılma durumlarında fenitoin düzeyleri takip edilerek idame fenitoin dozu ayarlanmalıdır. Rifampisinin Flukonazol'ün biyoyararlanımını %25 oranında azalttığı saptanmıştır. Beraber kullanılma durumunda Flukonazol'ün dozu yükseltilmelidir.Aynı zamanda verilen Flukonazolle kontraseptifler, siklosporin A ve simetidin arasında bir etkileşme gözlenmemiştir.