Oral antidiabetikler: Flukonazolün oral antidiabetiklerle kullanımı hipoglisemiye neden olabilir. Flukonazolün alımı tolbutamid, gliburid ve glipizidin metabolizmasını azaltarak plazma seviyelerini artırır. Bu ilaçlar veya diğer sülfonilüre grubu antidiabetikler flukonazolla kullanıldığında kan şekeri düzenli olarak takip edilmeli ve gerektiğinde antidiabetik ilaçların doz ayarı yapılmalıdır. Kumarin tipi antikoagülanlar: Kumarin tipi antikoagülan ilaç kullanan hastaların aynı zamanda flukonazol almaları protombin zamanının uzamasına neden olabilir. Kumarin tipi antikoagülan ile birlikte flukonazol alan hastaların protrombin zamanı düzenli olarak kontrol edilmelidir. Fenitoin: Flukonazol feniton seviyesini yükseltir. Fenitoinle flukonazolün birlikte kullanıldığı durumlarda fenitoin serum düzeyi takip edilmelidir. Siklosporin: Böbrek transplantasyonu yapılan (renal yetmezliği olan veya olmayan) hastalarda, flukonazol siklosporin'in seviyesini yükseltir. İki ilaç aynı zamanda kullanıldığında siklosporin ve kreatinin kan düzeyi takip edilmelidir. Rifampin:Rifampin flukonazolün metabolizmasını artırır. İki ilaç birlikte kullanıldığında, hastanın klinik durumuna göre flukonazolün dozunu artırmak gerekebilir. Tiofilin: Flukonazol tiofilin seviyesini yükseltir. İki ilacın birlikte kullanıldığı durumlarda tiofilin serum düzeyi takip edilmelidir. Terfenadin: Azol grubu antifungal ilaçların terfenadinle kullanımı, terfenadin serum seviyesinin artmasına neden olur. Terfenadin seviyesinin artması QTc aralığını uzatarak kardiyak disritmiye yol açar. Bu etki günde 400 mg'den az flukonazol alan hastalarda görülmez. Günlük 400 mg veya daha fazla Flukonazol alan hastaların aynı zamanda terfenadin kullanmaları kontrendikedir. Günlük 400 mg'ın altında flukonazol ile terfenadin kullanan hastalar yakından takip edilmelidir. Sisaprid ve astemizol: Sisaprid ve astemizol (veya sitokrom P450 sistemi yoluyla metabolize olan benzeri ilaçlar) flukonazol ile birlikte kullanıldığı durumlarda bu ilaçların serum düzeyleri artabileceğinden, bu ilaçlardan hangi birini flukonazolle birlikte alan hastalar yakından takip edilmelidir. Oral kontraseptifler: Ethinyl estradiol ve serum levonorgestrel içeren oral kontraseptifleri kullanan kadınlarda flukonazolün serum ethinyl estradiol ve levonorgestrel seviyeleri etkisinin klinik önemi bilinmemektedir. Hidroklorotiazid: Flukonazol ile birlikte kullanıldığında renal klirensi azaltarak flukonazolün plazma konsantrasyonunu önemli derecede yükselttiği görülmüştür. Zidovudin: Flukonazol zidovudinin plazma konsantrasyonunu yükseltir.