İzlenen yan etkiler hafif ve orta şiddetlidir. Tad bozukluğu, karın ağrısı, diyare, dispepsi gibi izlenen yan etkiler hafif ve orta şiddettedir. Klaritromisin omeprazol ile uygulandığında dilde ve dişlerde renk değişmesi, koku alma duyusunda değişiklik rapor edilmiştir. Klaritromisin tedavisi süresince seyrek olarak hepatik enzimlerde yükselmeler ve sarılıkla ya da sarılıksız seyreden hepatosellüler/kolestatik disfonksiyonlar izlenebilir. İzole trombositopeni vakaları rapor edilmiştir. Klaritromisinin ürtiker, deri döküntüsü, anafilaksi ve Stevens–Johnson sendromu gibi alerjik reaksiyonlar oluşturduğu rapor edilmiştir. Hipoglisemik ajan veya insülin tedavisi gören hastalarda nadir olarak hipoglisemi vakaları rapor edilmiştir. QT aralığı genişlemesi olan kişilerde klaritromisin, ventriküler taşikardi dahil ventriküler aritmi ve “ torsede de pointes “ ile nadiren alakalıdır.