Başağrısı, başta ve epigastriumda kızarma ve sıcaklık duygusu,hıçkırık, bazen geçici, asemptomatik aminotransferaz artışları gibi yan etkiler görülebilir. Ondansetron kalınbağırsaktan geçiş süresini artırır ve bazı hastalarda kabızlığa neden olabilir. Nadiren bazıları şiddetli,anaflaksiyi içeren, erken aşırı duyarlılık reaksiyonları rapor edilmiştir.Nadiren kalıcı klinik sekel bulguları olmaksızın istemsiz hareket bozukluklarını düşündüren raporlar,nadiren nöbetler,göğüste ağrı,aritmi,hipotansiyon ve bradikardi bildirilmiştir.