Kinolon grubu antibiyotiklerde görülen yan etkiler siprofloksasin tedavisi sırasında da görülebilir. En sık görülen yan etkiler: Bulantı, kusma, diyare, sindirim sisteminde huzursuzluk ve iştahta azalmadır. Seyrek de olsa bazı hastalar baş dönmesi, baş ağrısı, uykusuzluktan şikayet etmişlerdir. Siprofloksasin alan hastaların bazılarında deri döküntüleri ve kaşıntı gözlenmiştir. Yüksek doz uygulamalarında kristalüri görülebilir. Böyle durumlarda hastaların, ağız yoluyla yeterli miktarlarda sıvı almaları gerekir. Literatürde, çok ender de olsa, lökositopeni, lökositoz, trombositopeni ve eozinofili bildirilmiştir. Laboratuvar bulguları üzerine etkileri : Özgeçmişinde hepatit ve hepatozlar bulunan hastalarda serum-transaminaz ve alkalen fosfataz değerlerinde yükselmeler görülebilir.