1- Siprofloksasin merkezi sinir sisteminde stimilasyona sebep olabiir. Bu nedenle organik beyin hastalığı olanlarda dikkatle kullanılmalıdır.
2- İdrar asidik olduğu sürece insanda kristalüri nadirdir. Siprofloksasin tedavisi sırasında idrar asid tuıtmalı ve bol su içimelidir.
3- İlaç etkilşeşimleri siprofloksasin tedavisi sırasında plazma teofilin seviyeleri yükselir ve eliminasyonu uzar bu 2 ilaç birlikte verilmemelidir. Aliminyum hidroksit ve magnezyum hidroksit siprofloksasine absorbsiyonunu ve kan seviyelerini azaltır.
Probenesid siproloksasin itrahını engeller ve kan seviyelerini yükseltir.
4- Siprofloksasin tedavisi sırasında pseudonomas aeruginosa ilaca karşı rezistan kazanabilir veya süper enfeksiyonlar görülebilir. Gereğinde tedavi sırasında kültür alınarak kontrol yapılmalıdır.