İntravezikal immucyst uygulaması mesane içinde enflamasyon cevabına neden olamakta ve hematüri, disüri, pollaküri ve üriner sistem bakteriyel enfeksiyonları ile birlikte görülmaktedir. Bu yüzden dikkali bir gözlem önerilmektedir. İmmucyst immünoterapisi uygulananlarda sistematik yan etkilerde nadiren de olsa görülebilir. Bunlar bulantı, diyare, anemi ve lökopeni, prostat ve üretral obstriksiyon ve sistematik BCG enfeksiyonu ile ölüm olarakta sıralanabilir. İmmucystin intravezikal uygulamasını takiben ölüm görülebilir. Sistematik BCG enfeksiyonu olmasından şüphe ediliyorsa hasta, enfeksiyon hastalıkları uzmanı ile birlikte yapılan konsültasyonu takiben hızlı bir şekilde anti-tüberkülotik tedaviye alınmalıdır. Granülomatöz hepatit gibi sistemik enfeksiyon şüphesi görüldüğünde immucyst tedavisine son verilmelidir. Antimikrobiyel tedavi görenlerde uygulanan bu tedavinin immucyst'in etkilerini, olumsuz etkileyip etkilemiyeceği değerlendirilmelidir. Küçük mesane kapasiteli hastalarda lokal irritasyon bulgularının şiddetinde bir artma riski bulunduğu göz önüne alınarak, ilaç tedavisine karar verilmelidir. İmmucyst uygulanması yapılmadan önce hastanın tüberküline karşı duyarlılığının belirlenmesi önerilir. İmmucyst canlı mikobakteriler içermektedir. Enfeksiyöz materyal gibi muamele edilmelidir. Ürünün mesaneye instilasyonunda kullanılan tüm materyaller uygulamadan sonra tehlikeli biyolojik atıl olarak nitelendirilip kurallara uygun şekilde atılmalıdır. Emziren annelerde kullanımı: Sistemik bir BCG enfeksiyonu olan anneler, çocuklarını enfekte edebilirler. Bu ilacın anne sütüne geçip geçmediği henüz bilinmemektedir. Bu nedenle emziren annelerde uygulanmasında dikkat edilmelidir. Çocuklarda kullanımı: Karsinoma im-situ'lo çocuklarda kullanımı için etkinliği ve emniyeti henüz belirlenmemeiştir.