İmmucyst tedavisi kanser hücrelerine ek olarak vücudun bazı organlarını etkileyebilir. Lokal yan etkile: 3.intravizikal instilasyonu takiben görülmekte ve genel olarak, disüri, pollaküri, hematüri, sistit idrar zorluğu , üriner sistem enfeksiyonu, inkontinans, kramp ağrı şeklinde görülmektedir. Semptomlar genelile instilasyonu takip eden 2 ile 4. saate başlar ve ortalama 24-72 saat sürer.İntravezikal uygulamayı takiben görülen sistemik reaksiyonlar ie genellikle 1-3 günde sona erer. ve genel olarak; halsizlik, 38°C nin üzerinde ateş, titreme, anemi, bulantı, kusma, iştahsızlık, miyalji/artralji/artrit, diyare, lokopeni, renal toksisite, genital ağrı şeklinde görülmektedir. Granülamatöz prostat, cilt döküntüsü, orşit ve renal apse rapor edilmiştir. Üriner enfeksiyon mevcudiyetinde veya travmatik kateterizasyon sonucunda immucyst, kullanımına bağlı ölümler bildirilmiştir. İrritatif rezikal yan etkiler, Halsizlik, ateş, üşüme v.b. sistematik belirtiler hipersensitivite reaksiyonu olarak görülebilir. Ve difenhidramin hidroklorür ile tedavi edilebilir.