Allopurinol/oksipurinol/tiopurinol: Allopurinol, oksipurinol ve tiopurinol ile ksantin oksidaz aktivitesinin inhibisyonu biyolojik olarak aktif 6-tioinosinik asidin biyolojik olarak inaktif 6-tioürik aside dönüşümünün azalması ile sonuçlanır. Allopurinol, oksipurinol ve/veya tiopurinol, 6-merkaptopurin veya azatioprinle birlikte verildiğinde, 6-merkaptopürin ve azatioprin dozunun orijinal dozunun dörtte birine indirilmesi gerekir.

Nöromüsküler blokerler: Imuran, süksinilkolin gibi depolarizan ilaçların oluşturduğu nöromüsküler blokajı arttırabilir ve tübokürarin gibi nondepolarizan ilaçların oluşturduğu blokajı azaltabilir. Bu etkileşimlerin gücünde değişiklikler olabilir.

Varfarin: Azatioprin ile verildiğinde varfarinin antikoagulan etkisinin inhibisyonu bildirilmiştir.

Sitostatik/miyelosupresif ilaçlar: Mümkünse sitostatik ilaçların ya da penisilamin gibi miyelosupresif etkisi olan ilaçların beraber uygulanmasından kaçınılmalıdır. Imuran ve kotrimoksazol arasında ciddi hematolojik anomalilerle sonuçlanan birbirleriyle zıt etkileşim raporları vardır. Imuran ve kaptoprilin beraber uygulanması sonucu gelişmiş hematolojik anomali bildirilen bir vaka da bulunmaktadır. Simetidin ve indometazinin Imuran ile beraber kullanıldığında artabilen miyelosupresif etkileri vardır.

Diğerleri: Furasemid in vitro olarak insan hepatik dokusunda azatioprinin metabolizmasını bozmuştur. Klinik anlamlılık bilinmemektedir.

Aşılar: Imuran'ın immunosupresif aktivitesi canlı aşılarda atipik ve potansiyel zarara neden olur ve bu nedenle Imuran ile tedavi olan hastalara canlı aşı uygulanması teorik olarak kontrendikedir. Ölü aşılara azalmış bir cevap olasıdır ve azatioprin ve kortikosteroid kombinasyonu ile tedavi olan hastalar arasında hepatit B aşısına bu tür bir cevap görülmüştür. Küçük bir klinik çalışma göstermiştir ki, standart tedavi dozlarında Imuran, polivalan pnömokok aşısına karşı gelişen, ortalama antikapsüler spesifik antikor düzeyinin ölçümüyle değerlendirilen koruyucu bağışıklık cevabını olumsuz yönde etkilememektedir. Aminosalisilatlar: Aminosalisilat türevi ilaçların (örneğin olsalazin, mesalazin ya da sulfasalazin) tiopürin metiltransferaz enzimini inhibe ettiğini gösteren in vitro bulgular bulunması nedeniyle bu ilaçlar Imuran tedavisi almakta olan hastalara çok dikkatle uygulanmalıdır (Kullanım için bakınız "Uyarılar/Önlemler").