Yan etkiler genellikle hafif ve geçicidir. En sık görülen yan etkiler sindirim kanalıyla ilgilidir. Diyare, bulantı, kusma, dispepsi, ağızda tat bozukluğu, karın ağrısı bildirilmiştir.
Bu ilacı kullanan hastalarda seyrek olarak, SGPT, SGOT, GGT, alkalon fosfatas, LDH, total bilirubin değerlerinde yükselme görülebilir. Nadiren lökopeni ve protrombin zamanında uzama bildirilmiştir. Hastaları %4'ünde kan üre düzeyinde yükselme, % 1'inden azında serum kreatininde yükselme görülmüştür.
Diğer makrolidler gibi klaritromisinde, nadiren sarılıkla birlikte ya da tek başına hepatoselüler veya kolestatik hepatit dahil olamk üzere karaciğerde genellikle reversibl işlev bozukluğuna yol açabilir.
Karaciğer bozukluğu çok seyrek olarak özellikle altta yatan ciddi bir hastalığın ya da birlikte kullanılan başka ilaçların varlığında ölümle sonuçlanabilmektedir.Klaritromisin, omeprazolle birlikte kullanıldığında dilde geçici renk değişikliğine neden olabilir. Ayrıca dişlerde renk değişikliğide oluşabilmektedir. Seyrek olarak trombositopeni bildirilmiştir.