Nidazol protozoal enfeksiyonların tedavisinde, anaerob bakteriyel enfeksiyonların profilaksisi ve tedavisinde kullanılır. Ayrıca bakteriyel vaginosis, akut nekrozitan ülseratif gingivit, periodontit ve psödomembranöz kolitler gibi spesifik bakteriyel enfeksiyonlarda da nidazol kullanılır. Amebiyazda ve bütün Entamoeba histolytica enfeksiyonlarında amebisit etki gösterir. Ancak amebik karaciğer absesinin metronidazol ile tedavisi, iltihabın drenaja ya da aspirasyona olan ihtiyacını ortadan kaldırmaz. İntraabdominal enfeksiyonlar, jinekolojik enfeksiyonlar, kemik ve eklem enfeksiyonları, merkezi sinir sistemi enfeksiyonları, alt solunum yolu enfeksiyonları, cilt ve cilt yapısı enfeksiyonlarında endikedir. Diğer enfeksiyonlar: Hepatik ensefalopati Crohn hastalığı Antibiyotiğe bağlı psödomembranöz kolit.